Нельзя однозначно утверждать, что бассейн Миссури считается самым загрязнённым в мире. Однако есть некоторые факторы, которые влияют на ухудшение качества воды в реке Миссури:

• Развитие торговли, промышленности и судоходства в XIX веке привело к ухудшению качества воды. 2 Изменение гидрологии реки и развитие поймы сильно изменили флору и фауну Миссури. 2
• Замена естественной растительности вблизи реки орошаемыми сельскохозяйственными угодьями. 2 Повышенное содержание азота и некоторых других компонентов, причиной чего являются удобрения, вносимые на поля, — серьёзная проблема, особенно в низовьях реки. 2
• Строительство плотин и каналов и связанное с ними уменьшение количества переносимого материала. 2 Это приводит к уничтожению мест обитания многих рыб, птиц и земноводных. 2
• Засухи. 5 Например, на рубеже XX и XXI веков засухи в бассейне реки Миссури были самыми разрушительными за последние 1200 лет. 5

Одно из прозвищ Миссури — «Большая мутная река» — дано за необычно большие отложения осадков и ила, которые считаются одними из самых больших среди всех рек Северной Америки. 2