Низкая минерализация воды в Онежском озере связана с несколькими факторами: 1

• Положение озера в гумидной зоне. 1 Обильные осадки при сравнительно слабом испарении способствуют просачиванию вод и хорошему промыванию почв и грунтов водосборного бассейна. 1 Это обедняет химический состав речных вод, поступающих в озеро. 1
• Геологическое строение бассейна. 12 Значительная часть бассейна Онежского озера лежит в пределах Балтийского кристаллического щита, сложенного труднорастворимыми породами. 1

Онежское озеро — одно из наименее минерализованных озёр мира, общая минерализация воды составляет 39–46 мг/л. 2