Микробентос считается важным биоиндикатором загрязнения водных экосистем, потому что он чувствителен к загрязнению и находится в непосредственной близости к высоким концентрациям загрязняющих веществ. 1

С помощью микробентоса можно определить присутствие, концентрацию и воздействие загрязнителей воды на водную среду. 1 Например, наблюдение за количеством и разнообразием микробентосных организмов в водоёме указывает на уровень загрязнения: в сильно загрязнённых водах будет обнаружено меньшее количество организмов и только устойчивые к загрязнению виды. 1

Также микробентос отличается стабильной локализацией на определённых местах обитания в течение длительного времени, поэтому он является удобным объектом для наблюдений за антропогенной сукцессией и процессами самоочищения водных экосистем. 3