Марказит и пирит часто путают, потому что они имеют одинаковый химический состав — дисульфид железа (FeS2). 3 Однако отличаются по физическим и кристаллографическим свойствам (расположением атомов в пространстве). 3

Визуально марказит от пирита отличим прежде всего по уплощённо-клиновидной форме кристаллов, в отличие от кубических либо октаэдрических форм пирита. 1

Кроме того, в ювелирном деле термин «марказит» используется как торговый бренд для обозначения вставок из пирита в ювелирных изделиях массового спроса, что также может приводить к путанице. 12

Различать эти два природных сульфида железа научились лишь в XIX веке. 1