Малая крачка занесена в Красную книгу РФ и находится под угрозой исчезновения. 45 Некоторые причины сокращения численности вида в Центральной России:
- Гибель кладок и птенцов при выпасе и водопое скота, при частом посещении колоний людьми. 14
- Разорение гнёзд серой вороной и крупными чайками. 14
- Деградация местообитаний в результате зарастания кос травой и кустарником. 14
- Затопление отмелей паводковыми водами, что приводит к гибели колоний. 14
- Хищничество со стороны врановых птиц, чаек и наземных хищников. 5
На популяцию малых крачек также влияют искусственные паводки, колебания уровня воды в водохранилищах, повсеместное загрязнение водоёмов и утрата естественных местообитаний. 2