Малахит часто встречается в подземных пространствах и шахтах из-за особенностей процесса его образования. 14

В природе малахит образуется в зоне окисления — в коре выветривания медных руд, залегающих в известняках или доломитовых и известковых сланцах. 4 Химически сильные подземные воды пропитывают медный колчедан, разрушают его и отнимают у него медь, соединяя её с угольной кислотой соседних известняков. 4

От растворённых минералов в породе остаются поры и пустоты, которые малахит не всегда заполняет полностью и создаёт причудливую ноздреватую почковидную поверхность. 4

Кроме того, лучшие условия для переноса и переотложения рудного малахита создаются на участках с высокой проницаемостью пород, благоприятной для циркуляции растворов. 3 Такие участки находятся в пределах линейных кор выветривания, которые развиваются по тектоническим нарушениям. 3