Лотос орехоносный считается исчезающим видом в России по нескольким причинам:

• Загрязнение водоёмов. 12 Лотосы требовательны к чистоте воды, а бытовая химия негативно влияет на их среду обитания. 2
• Изменение режима рек. 1 К сокращению численности растения приводят заиливание, высокий уровень воды, гидротехническое строительство. 1
• Неконтролируемый сбор. 1 Люди собирают цветки лотоса для себя или на продажу, а также вылавливают корневища. 1
• Ухудшение природно-климатических условий. 1 Лотос плохо переносит дожди и паводки, ослабленные растения становятся уязвимыми для вредителей. 1

Из-за сокращения популяций лотос орехоносный занесён в Красную книгу России и находится под охраной государства. 15