Кузнецкий Алатау считается резервуаром рек Томской области, потому что с его гор берут начало десятки рек и ручьёв, которые в конечном итоге попадают в главную реку области — Томь. 5

Например, к таким рекам относятся Тайдон, Нижняя Терсь, Средняя Терсь, Верхняя Терсь, Уса, Теренсуг. 1 Значительная часть притоков Томи берёт начало из ледников, снежников и болот хорошо увлажнённого юго-западного макросклона Кузнецкого Алатау. 1

Также с гор нагорья берёт начало река Кия, которая впадает в Чулым на территории Томской области. 2 Она берёт начало на восточном склоне главного хребта Кузнецкого Алатау и имеет протяжённость 507 км, площадь бассейна — около 33 тыс. кв. км. 2