Кувшинка-кубышка считается редким видом в Иркутской области, потому что она занесена в Красную книгу региона. 14

В своё время численность этого растения резко снизилась из-за распространения на водоёмах ондатры. 2 Однако в последние годы привезённая в 1930-х годах американская норка расширила свой ареал в Иркутской области и сократила численность ондатры, в результате количество очагов произрастания жёлтой кубышки начало восстанавливаться. 2

Также кубышка чувствительна к изменениям в водной среде и является индикатором чистоты воды: если она исчезает, это может указывать на загрязнение водоёма. 3

За сбор или уничтожение краснокнижной кубышки предусмотрена ответственность, в том числе и уголовная. 5