Кубанская дельта частично осушена и используется в сельскохозяйственных целях из-за антропогенного вмешательства. 4

Сток Кубани зарегулирован Краснодарским водохранилищем, многочисленными прирусловыми дамбами и несколькими системами каналов. 4 Их воды орошают рисовые поля и наполняют пруды рыбоводческих хозяйств. 4

С 1930-х годов в дельте активно строят оросительные, нерестово-выростные и лиманно-озёрные рыбоводческие хозяйства, а также рисовые системы. 5 Район активно используют в сельском хозяйстве — в основном под выращивание зерновых и виноградники. 1

Кроме того, в формировании кубанской дельтовой равнины важную роль играет тектоника — здесь преобладают опускания земной коры. 4