Крупные плотины могут отрицательно сказаться на биоразнообразии речных экосистем по нескольким причинам:

• Изменение гидрологического режима. 15 Это влияет на водную и прибрежную флору и фауну, что может разрушить экологическую сеть речной системы. 5
• Трансформация местообитаний. 1 Определённый режим стока формирует местообитания ниже по течению: перекаты и плёсы, бары и поймы. 2 Их изменение физически меняет местообитания. 2
• Нарушение динамики стока. 2 Гидробионты эволюционно приспособлены к определённой динамике стока, и её нарушение ведёт к сбоям в важнейших процессах в популяциях и сообществах. 2
• Блокирование путей миграции. 1 Многие виды совершают обязательные миграции как вдоль русла, так и на поймы, а плотины нарушают эту связь. 2
• Заселение и распространение чужеродных видов. 2 Изменение стока способствует заселению и распространению чужеродных видов и вытеснению ими аборигенных. 2