Колыванское озеро считается уникальным природным объектом Алтая по нескольким причинам:

• Неповторимый ландшафт. 1 На восточном и южном берегах озера возвышаются гранитные скалы-останцы причудливых форм: арки, колонны, дворцы, фантастические животные, человеческие лица. 2 По мнению учёных, это результат совместных усилий волн древнего моря и последующего процесса выветривания. 2
• Большое количество водной растительности. 2 Озеро занимает первое место по численности водной флоры (34 вида) среди изученных озёр Алтая. 2 Это объясняется относительно мягким климатом, мелководностью водоёма и высокой степенью прогревания воды. 2
• Наличие реликтовых растений. 12 В озере в большом количестве растёт водяной орех — чилим, являющийся реликтовым растением третичной флоры, сохранившимся с доледникового периода. 2 Теперь это очень редкое растение занесено в Красную книгу России и подлежит охране. 2