Колонии бакланов могут наносить вред местной флоре и фауне по нескольким причинам:

• Уничтожение растительности. 4 Помет бакланов, содержащий большое количество азота и кальция, сильно защелачивает почву, из-за чего на островах, где живут птицы, растёт только крапива. 4 Деревья, на которых располагаются гнёзда бакланов или которые используются для регулярного отдыха и ночёвок, также засыхают. 35
• Сокращение запасов рыбы. 13 Бакланы прожорливы и плодовиты, за короткий срок могут уничтожить растительность целого района и нанести огромные убытки, поедая в водоёмах рыбу. 1 Один баклан за год съедает порядка 300 кг живой рыбы. 1 Помимо рыбы, птицы поедают моллюсков и мальков рыбы, что особенно неприятно при зарыблении водоёмов. 1
• Соперничество с человеком при ловле рыбы. 2 В различных местах бакланов считали вредными из-за того, что они ловят ту же рыбу, что и человек. 2

Однако есть и другая точка зрения: некоторые учёные считают, что бакланы играют важную роль в природных процессах, например, ускоряют циклы движения азота и фосфора. 2