Керженский заповедник считается важным природоохранным объектом по нескольким причинам:

• Сохранение биологического разнообразия. 1 Заповедник создан в целях сохранения в естественном состоянии природных комплексов южной тайги. 1
• Защита водно-болотных угодий международного значения. 4 Территория заповедника входит в состав Камско-Бакалдинской группы болот — крупнейшего болотного массива в центре Европейской России. 4
• Изучение изменений гидрологического режима. 1 Значительные по площади и разнообразию болота с разветвлённой гидрологической сетью позволяют изучать изменения гидрологического режима, обусловленные воздействием различных факторов. 1
• Охрана животных и редких растений. 4 В заповеднике взяты под охрану, например, бобр, выхухоль, выдра, глухарь, беркут и другие животные, а также редкие растения (качим метельчатый, сон-трава и другие). 4