Карстовые озёра считаются уязвимыми экосистемами по нескольким причинам:

• Непредсказуемое изменение уровня воды. 2 Он может колебаться: весной повышаться, в сухие периоды понижаться. 1 Некоторые озёра периодически и вовсе уходят в подземные полости, и предугадать, когда произойдёт следующее повышение или понижение, сложно. 2
• Опасность для обитателей. 5 В карстовых озёрах можно обнаружить редкие и уникальные виды растений и животных, которые приспособились к условиям таких водоёмов. 5 Несанкционированная застройка и загрязнение озёр могут привести к разрушению жизненного пространства множества организмов, что повлечёт за собой их исчезновение. 5
• Угроза при эксплуатации в экономических целях. 5 Использование озёр исключительно в экономических целях может негативно сказаться на экосистеме и угрожать биоразнообразию. 5