Карликовые крокодилы считаются уязвимым видом по нескольким причинам:

• Небольшой размер. 13 Из-за этого они более уязвимы для хищников. 1 Чтобы защитить себя, карликовые крокодилы имеют сильно бронированные шею, спину и хвост. 13
• Утрата среды обитания. 2 Человеческие популяции расширяются и вторгаются в естественную среду обитания крокодилов, из-за чего водно-болотные угодья и другие территории, важные для выживания животных, осушаются и разрушаются. 2
• Браконьерство. 2 Спрос на кожу, мясо и части крокодилов, такие как зубы и кости, приводит к интенсивному охотничьему давлению. 2 В некоторых регионах браконьерство настолько широко распространено, что истреблены целые популяции. 2
• Изменение климата. 2 Изменения температуры могут повлиять на метаболизм и поведение крокодилов, а повышение уровня моря — привести к утрате среды обитания и проникновению солёной воды в пресноводную. 2

МСОП считает карликового крокодила уязвимым видом, и он занесён в Красную книгу МСОП в этом статусе. 35