Карликовые бегемоты находятся под угрозой исчезновения по нескольким причинам:

• Ухудшение условий жизни. 1 Постоянное заселение людьми новых территорий требует вырубки лесов и засаживания естественных пастбищ. 1 Из-за повышенных температур водоёмы пересыхают. 1 Бегемоты лишаются нормальной среды для жизнедеятельности, не могут найти пищу в достаточном количестве и достойные укрытия. 1
• Браконьерство. 1 Убийство зверей объясняется их прочной шкурой и достаточно вкусным мясом. 1 Особенно это характерно для территорий, где не установлена охрана вида. 1
• Вырубка лесов. 25 Леса Западной Африки потеряли более 80% своей первоначальной площади. 2 Производство какао — основная причина гибели лесов, но нерациональные рубки также являются одним из факторов. 2

Карликовый бегемот занесён в Красную книгу со статусом «Вымирающие виды». 1