Карликовая игрунка занесена в Красную книгу как уязвимый вид. 13
Угрозу для этих животных представляет сокращение площади и ухудшение условий среды обитания из-за деятельности человека, в частности из-за вырубки лесов, добычи полезных ископаемых, выращивания масличных пальм, строительства поселений и охоты. 1
В оценке Красной книги МСОП 2008 года карликовая игрунка была помещена в категорию «Вызывающие наименьшие опасения» (англ. Least concern, LC). 13 Однако в оценках 2020 и 2021 годов вид был помечен как «уязвимый» (англ. Vulnerable species, VU). 1