Каракорум считается одной из самых геологически активных областей на планете, потому что он находится на границе плит между Индо-Австралийской и Евразийской. 25

В конце мезозоя регион характеризовался большими структурными изменениями, а сама горная система возникла в результате интенсивных геологически недавних землетрясений. 3 В регионе всё ещё наблюдается частая сейсмическая активность, некоторые сейсмические события наносят большие разрушения и часто вызывают огромные каменные и ледяные лавины. 3 В нескольких районах встречаются горячие источники. 3

Кроме того, в геологическом составе Каракорума доминируют граниты, гнейсы, кристаллические сланцы и филлиты. 3 С неогена регион испытывает активное поднятие. 1