Кандалакшский заповедник считается одним из важнейших морских заповедников в России по нескольким причинам:

• Большое количество островов. 1 Заповедник — рекордсмен по количеству островов среди морских особо охраняемых природных территорий в России, их более 550. 1 Большинство островов расположено в Кандалакском заливе и является частью скалистых архипелагов, которые именуют шхерами. 1
• Международное значение. 13 В 1975 году Кандалакшский залив вместе с беломорской частью заповедника, в соответствии с Рамсарской конвенцией, первым в России был включён в перечень водно-болотных угодий, имеющих международное значение как место обитания водоплавающих птиц. 1
• Разнообразие флоры и фауны. 34 На заповедной территории выявлено более 10 тысяч биологических видов, в том числе примерно 1100 видов растений, более 5000 беспозвоночных, 397 видов позвоночных животных. 34 Среди них 229 особо охраняемых видов, включенных в региональную Красную Книгу. 34
• Важность для орнитологической науки. 3 Кандалакшский заповедник является одним из культурных и образовательных центров российской северной орнитологической науки. 3 Здесь начинали свою деятельность многие специалисты по морским птицам и гидробиологии. 3