Кандалакшский заповедник считается одним из самых важных в России по нескольким причинам:

• Это первый морской заповедник в России. 12 Большая часть его территории (74,2%) — морские архипелаги с прилегающей акваторией, где массовыми обитателями являются морские колониальные птицы. 2
• Заповедная территория и Кандалакшский залив Белого моря в 1975 году вошли в Список водно-болотных угодий международного значения. 14 Это увеличило ответственность заповедника за сохранение и мониторинг флоры и фауны акватории, островов и участков побережья. 1
• На заповедной территории выявлено более 10 тысяч биологических видов. 2 Среди них примерно 1100 видов растений, более 5000 беспозвоночных, 397 видов позвоночных животных. 2 Среди них 229 особо охраняемых видов, включенных в региональную Красную Книгу. 2
• Кандалакшский заповедник — это культурный и образовательный центр северной орнитологической науки России. 1 Здесь начинали свою деятельность многие специалисты по морским птицам и гидробиологии. 2