Нельзя однозначно ответить на вопрос, почему исчез чёрный окунь из российских водоёмов. Несколько возможных причин сокращения популяции окуня:

• Сбросы и подъёмы воды на реках, особенно в весенний период. 4 Для любой рыбы это стресс, а для окуня, ввиду его биологических особенностей, — вдвойне. 4
• Загрязнение водоёмов. 34 Сбросы промышленных отходов и некачественная работа очистных сооружений могут негативно влиять на популяцию окуня. 4
• Активность рыбаков. 4 В маленьких водоёмах на интенсивность клёва влияет активность людей, которые вылавливают рыбу. 4
• Появление других хищных рыб. 14 Окунь — один из объектов охоты для более крупных и прожорливых подводных обитателей: щуки, судака, налима. 4 Если в водоёме резко возрастает популяция хищных рыб, в особенности судака, то окунь быстро выбивается ими. 4
• Климатический фактор. 4 Например, неблагоприятные зимы с циклонами, оттепелями, ветрами и снегом могут влиять на популяцию окуня. 4