Индигирка считается важной транспортной артерией на северо-востоке России, потому что она позволяет осуществлять грузоперевозки не только летом, но и зимой. 3

Летом по реке возможна навигация, но участками, так как она пересекает высокие горы хребта Черского и имеет пороги. 1 В нижней части навигация более активная и существует от устья вверх до посёлка Хонуу. 1

Зимой Индигирка становится дорогой, зимником, по которому осуществляются все грузоперевозки от посёлков, расположенных ниже по реке. 3 Ключевой посёлок на реке — Усть-Нера, через него проходит круглогодичная Колымская трасса, и уже отсюда по Индигирке везут грузы дальше на север к приискам и к посёлкам Тебюлях, Хонуу, Кэбергене, Белая Гора и до самого Чокурдаха. 1