Хранение GPG-ключей в отдельном файле, например с расширением .gpg.d, считается предпочтительным способом управления ключами по нескольким причинам:

• Безопасность. 1 Если хранить все ключи в одном файле, система будет доверять им полностью, а не только пакетам, для которых их добавили. 1 При использовании отдельного файла система может связать ключи с соответствующими пакетами. 1
• Удобство. 2 Для более удобного и безопасного взаимодействия публичные и секретные ключи разделяют на разные места хранения. 2 Для закрытых ключей необходимы усиленные меры защиты, поэтому каждый ключ хранится отдельно и шифруется паролем, который задаёт пользователь. 2
• Разграничение доступа. 2 К публичным ключам постоянно необходим доступ, поэтому они хранятся не в зашифрованном виде. 2 Однако возможность подмены публичного ключа даёт новый вектор атаки, поэтому важно обеспечить корректное разграничение доступа. 2