Несколько причин, по которым гриб мацутаке стал редким в Японии:

• Сокращение мест обитания. 1 Мацутаке растут в корнях красных сосновых лесов, а эти места в последние годы сокращаются из-за угрозы со стороны инвазивного червя. 1
• Разрушение грибниц. 3 Мацутаке растут в симбиозе только с красной японской сосной, но эти деревья были поражены паразитом, из-за чего грибницы в стране стали разрушаться. 3
• Чувствительность к изменениям погоды. 13 Мацутаке собирают всего один раз в год, и они очень чувствительны к изменениям погоды: если сезон будет слишком жарким или засушливым, их количество уменьшится. 1
• Сложность выращивания. 12 Мацутаке чрезвычайно трудно выращивать искусственно. 1

Из-за этих факторов Международный союз охраны природы (МСОП) впервые определил мацутаке как вид, находящийся под угрозой исчезновения. 1