Выражение «пара сапог» является правильным, так как в родительном падеже множественного числа слова, обозначающие парные предметы, как правило, имеют нулевое окончание. 1

«Словарь русского языка» определяет слово «пара» как два однородных или одинаковых предмета, употребляемых вместе и составляющих одно целое. 3