Несколько причин, по которым города могут иметь разные географические координаты на картах Google и Яндекс:

• Разные источники снимков. 2 Из-за этого у сервисов может быть разная погрешность привязки. 2
• Несовпадение тайлов. 2 Из-за этого точка с одними и теми же географическими координатами может отображаться с погрешностью в несколько метров. 2
• Разный порядок координат в API карт. 1 Также стоит учитывать, что в сервисах Google и Яндекс он отличается. 1

При этом географические координаты в идеале должны указывать одинаково на любой карте, допустимы только сдвиги на пару метров, связанные с неидеальной привязкой спутниковых данных. 1

Для более точного сопоставления координат можно использовать базовые точки, по которым можно вычислить среднее отклонение и применить его к исходной точке. 2