Город Межгорье считается закрытым и охраняемым объектом, потому что его назначение является секретным, и официальная информация о нём ограничена. 12

Указом Президента РФ от 8 июля 1995 года Межгорье получил статус города республиканского значения и особой зоны. 14

Существуют различные предположения о предназначении города, например, в 1992 году первый секретарь Башкирского обкома КПСС заявлял, что в горах строится убежище для первых лиц государства на случай войны. 4 В 1996 году начальник строительства объекта объяснял будущее предназначение как «хранилище продовольственных запасов и одежды Госрезерва». 4

До середины 2000-х годов охрана ЗАТО осуществлялась подразделениями военной части управления Министерства обороны РФ, затем эта функция была передана вневедомственной охране Росгвардии. 14