Джуба считается крупным транспортным узлом Южного Судана, потому что она является речным портом и южной конечной станцией судоходства по Нилу. 25 В городе действует речная пристань, которая является крайней южной точкой нерегулярного судоходства по Белому Нилу. 1

Кроме того, Джуба связана грунтовыми автодорогами с различными городами и населёнными пунктами Южного Судана, например, с Вау (недалеко от границы с Суданом), с Эзо и населённым пунктом Ри-Юбу (на границе с Центральноафриканской Республикой), с городом Ей (недалеко от границы с Демократической Республикой Конго), с населённым пунктом Нарус (вблизи границы с Кенией). 1 Автодорога с твёрдым покрытием проходит до города Нимуле на границе с Угандой. 1