Гора Большое Богдо находится под охраной Богдинско-Баскунчакского заповедника, потому что на ней сохранился уникальный комплекс растений и животных, который сформировался в далёкие геологические эпохи. 1

Некоторые особенности, которые делают гору уникальной:

• Реликтовые виды растений. 2 Это связано с тем, что во время затопления всей прилегающей равнины водами Хвалынского моря (8–12 тыс. лет назад) гора Большое Богдо оставалась крупным островом, на котором уцелели остатки прежней флоры и фауны. 2
• Редкие виды животных. 35 Например, пискливый геккончик — ящерица, занесённая в Красную книгу России. 5
• Карстовые образования. 5 Гора богата гротами, воронками и пещерами, самая крупная из которых — Большая Баскунчакская пещера, её протяжённость достигает полутора километров. 5