Глубина Японского моря превышает глубину большинства других дальневосточных морей из-за особенностей его географического положения и рельефа дна. 15

Японское море находится в зоне перехода от континентальной земной коры к океанической, что характерно для морей с большими глубинами. 1 В нём есть глубоководная котловина, расположенная между подводными частями материка и островными дугами. 1

Кроме того, проливы, соединяющие Японское море с океаном, имеют небольшую глубину (не больше 100 м), что препятствует водообмену с океаном и изолирует Японское море от соседних морей и океанов. 34

В результате северная часть Японского моря самая глубокая, а юго-западная — самая мелкая, с глубинами до 2000–2300 м. 3