Глубина Виштынецкого озера превышает 50 метров из-за особенностей рельефа дна, который представлен чередой шести узких глубоких впадин, разделённых грядами высотой до 20 метров. 1

Озёрная котловина сформировалась около 20 тысяч лет назад благодаря леднику, который образовал огромный котлован на Виштынецкой возвышенности. 14

Долгое время в справочниках указывалась максимальная глубина озера в 47 метров, но измерения с помощью современного эхолота показали, что глубина озера составляет 54 метра. 14