Гигантские выдры считаются одним из самых редких видов пресноводных хищников из-за сокращения численности популяции и разрушения среды обитания. 12

Несколько причин, по которым вид находится в опасности:

• Браконьерство. 12 В прошлом люди охотились на гигантских выдр ради меха, что значительно сократило численность животных. 12
• Вырубка лесов и осушение земель в Южной Америке. 2 Это приводит к уничтожению растительности по берегам рек, где обитают выдры. 1
• Конфликты с рыбаками. 3 Коренные жители видят в гигантских выдрах конкурентов за рыбные ресурсы и охотятся на них. 2

В 1999 году вид был внесён в список находящихся под угрозой исчезновения. 1 По данным на 2021 год, гигантские выдры исчезли из многих регионов, их общая численность сократилась до нескольких тысяч особей. 3