Гигантская арапайма находится под охраной, потому что интенсивные уловы на протяжении многих лет привели к истощению её популяции. 2 Экземпляры длиной более 2 метров в настоящее время встречаются редко, особенно в густонаселённых районах Амазонии. 1

В некоторых областях распространения промысел арапаймы запрещён. 1 В настоящее время бразильское природоохранное ведомство выдаёт разрешения на ловлю только один раз в год, при этом рыбак может оставить себе только особи длиной не менее 1,5 метра. 2

Кроме того, гигантская арапайма внесена в Приложение II CITES. 1

Для сохранения численности вида некоторые бразильские фермеры получили разрешение от правительства на разведение арапаймы в искусственной среде. 4