Несколько причин, по которым географические центры некоторых городов могут располагаться не в их административных границах:
  - Параллельное существование административного деления и города.                                                                          wiki.openstreetmap.org                       Городская черта может не совпадать с границей городского округа, а именованные территории города не всегда соотносятся с его административными районами.                                                                          wiki.openstreetmap.org                      
  - Географические факторы.                                                                          otvet.mail.ru                       Некоторые города могут быть физически отделены от окружающих районов географическими преградами, такими как реки, горы или другие естественные препятствия.                                                                          otvet.mail.ru                      
  - Именованные территории, не совпадающие с районами.                                                                          wiki.openstreetmap.org                       Они могут возникать из-за включения в городскую черту окрестных деревень.                                                                          wiki.openstreetmap.org                      
  
 Географический центр города можно вычислить математически: определить центр тяжести геометрической фигуры, представив город в виде многоугольника, образованного административными границами.                                                                          vk.com