Геленджикскую бухту называют природным фильтром из-за её способности к самоочищению. 14

Несколько факторов, которые способствуют этому процессу:

• Высокий уровень кислорода. 1 В акватории бухты активно протекает фотосинтез, о чём свидетельствует пересыщение воды кислородом. 5
• Активный водообмен с морем. 1 В тихую безветренную погоду вода в бухте очищается за 12 часов благодаря боковому течению от Толстого мыса к Тонкому мысу. 4
• Подводные течения. 4 Под их воздействием вода в бухте очищается за несколько дней. 4

Богатое видовое разнообразие бентоса и количество животных на единицу площади в бухте также свидетельствуют об отсутствии хронического загрязнения осадков, связанного с антропогенным фактором. 1