Flatpak считается более безопасным способом распространения приложений, потому что обеспечивает строгий контроль над правами доступа. 1

Некоторые особенности технологии, которые способствуют повышению безопасности:

• Изоляция приложений. 12 Каждое приложение работает в своей собственной среде, изолированной от остальной системы. 1 Это позволяет бороться с уязвимостями и атаками на систему. 1
• Ограничение доступа. 1 Приложениям предоставляется доступ только к ограниченному числу библиотек и системных интерфейсов. 2
• Защита от прекращения разработки. 3 Поскольку у каждого приложения прописан рантайм и его конкретная версия, то старые приложения всё ещё будут работать на новых дистрибутивах. 3
• Автоматическое обновление. 3 Обновлённая версия приложения запускается в момент его повторного запуска, никаких изменений «на лету» не происходит, что важно для стабильности. 3
• Поддержка дельта-обновлений. 1 Обновления скачивают только изменившиеся части (delta-обновления), чтобы экономить трафик. 3