Финский залив оказывает существенное влияние на экологию Санкт-Петербурга по нескольким причинам:

• Загрязнение вод. 14 В залив попадают неочищенные стоки от муниципальных предприятий ЖКХ, рекреационных объектов, а также хозяйственно-бытовые и производственные воды. 2 Это приводит к разрушению экосистемы, заболеваниям и гибели водных животных. 13
• Цветение цианобактерий. 1 В тёплое время года в Финском заливе распространяются синезелёные водоросли. 1 Они выделяют цианотоксины, которые наносят вред водным и наземным организмам. 1 Также цветение цианобактерий приводит к недостатку кислорода в нижних слоях водоёма и массовому мору рыбы. 1
• Разрушение береговой линии. 2 Строительство портовых комплексов и обустройство набережной Санкт-Петербурга и населённых пунктов Ленинградской области приводит к активному разрушению естественной береговой линии. 2 Это, в свою очередь, вызывает нарушения нерестилищ рыбы. 2
• Поступление нефтепродуктов. 24 Токсичные вещества попадают в залив из-за смыва с приходящих в порты кораблей, нештатных ситуаций во время заправки топливом, технического ремонта или обслуживания судов и других факторов. 2
• Поступление микропластика. 3 Частицы синтетики попадают в организм морских животных, а через потребление их в пищу — и в организм человека. 3