Финский залив мелководен, несмотря на свои размеры, из-за тектонического строения. 2 Он расположен на контакте осадочных пород Русской плиты и кристаллических образований её фундамента — Скандинавского щита. 2 Благодаря их разной сопротивляемости внешним экзогенным процессам здесь возникло понижение рельефа, заполненное водами Балтийского моря. 2

Кроме того, в залив впадает много рек, из которых самые крупные — Нева, Нарва и Луга. 5 Сток Невы очень большой (около 80 куб. км в год), поэтому вода в Невской губе практически пресная. 5

Максимальная глубина Финского залива достигает 121 метра, но средний показатель не превышает 38 метров, а в Нарвской губе резко сокращается до 6 метров. 1 Вдоль береговой линии глубина не превышает одного метра. 1