Европейские болотные черепахи занесены в Красную книгу из-за сокращения численности и исчезновения из многих районов своего ареала. 13
Некоторые причины проблемы:
- Уничтожение местообитаний. 15 К этому приводит осушение мелких водоёмов, изменение русла рек, мелиорация болот. 15
- Конкуренция с другими видами черепах. 15 Например, с завезённой из Северной Америки красноухой черепахой, которая составляет пищевую конкуренцию болотным черепахам. 14
- Браконьерство. 2 Черепахи подверглись преследованию человека, так как их мясо и яйца съедобны, а панцири идут на изготовление различных изделий. 2
Европейская болотная черепаха включена в приложение II Бернской Конвенции, а также в список МСОП (категория низкого риска). 13 Вид занесён в Красные книги Белоруссии, Латвии, Литвы и Молдавии, а также Башкирии. 13