Европейская жемчужница считается исчезающим видом по нескольким причинам:

• Глобальное потепление. 34 Излишне тёплая вода ускоряет скорость метаболизма жемчужниц и их рост, что приводит к высокой смертности среди личинок и молодых особей и снижению срока жизни. 2
• Изменение среды обитания. 2 В воде увеличивается количество водорослей, снижается численность рыб, происходят массовые наводнения. 3
• Другие факторы. 1 К ним относятся резкое уменьшение площади лесов (и как следствие — заилление дна рек), обмеление водоёмов, строительство гидротехнических сооружений, хищнический вылов лососёвых рыб. 1

Моллюск занесён в Красную книгу как вид, оказавшийся на грани вымирания. 1