Экологическая обстановка в реке Аргунь считается одной из самых неблагополучных в России по нескольким причинам:

• Трансграничный характер реки. 24 Российская и китайская стороны поймы Аргуни — неразделимые части одной экосистемы, внутри которой постоянно происходит циркуляция населения животных. 2 Любые факторы, вызывающие гибель животных или снижение их численности в одной точке участка, приводят к снижению биоразнообразия и на остальной территории. 2
• Загрязнение воды. 2 После 2000 года проблема загрязнения Аргуни резко обострилась. 2 Частично это связано с наступившим многолетним засушливым периодом (снижение объёма воды в реке означает увеличение концентрации растворённых в ней загрязняющих веществ), частично — с ростом промышленности в Китае. 2
• Интенсивный неумеренный вылов рыбы. 2 Китайские рыбаки отлавливают рыбу, в том числе и молодь, с помощью мелкоячеистых сетей. 2 Этот фактор в совокупности с загрязнением воды привёл к резкому падению рыбных запасов. 2
• Деятельность человека. 4 На состояние водных экосистем влияет деятельность человека, в том числе и добыча россыпного золота. 4
• Лесные и степные пожары. 1 Они пагубно влияют на состояние рек и усугубляют процессы деградации. 1

В результате популяция птиц, рыб и животных Аргуни стремительно беднеет. 1 Река практически утратила рыбопромысловое значение. 2