Эгейское море считается прозрачным и чистым, потому что в нём сосредоточена большая часть греческих островов и пляжей, отмеченных Голубым флагом — престижной международной наградой, подтверждающей чистоту и безопасность пляжа. 4

На чистоту морской воды влияют разные факторы, в том числе:

• Отсутствие промышленных зон недалеко от береговой линии. 2
• Замкнутость моря (чем меньше рек впадает в море, тем морская вода чище, так как именно реки несут в моря промышленные отходы). 2
• Сила подводных течений. 2
• Судоходность впадающих в море рек и соседних проливов (вода в тех местах, где идут большие грузовые и нефтяные танкеры, по определению чаще загрязняется). 2

Однако стоит учитывать, что в последнее время из-за сточных вод к берегам Эгейского моря прибивает вредную микрофлору, которая окрашивает прилив в красный цвет. 2