Дно Ладожского озера неоднородно по глубине из-за происхождения поверхности, покрытой позже озёрными водами. 1 Часть её изначально была морской, а часть — Балтийским кристаллическим щитом, который представляет собой поднятие, образованное породами, вылезшими из трещины в Восточно-Европейской платформе. 1 Здесь и находится самая глубокая впадина. 1 Дальше плавно набирает высоту шельф платформы, с северных берегов уклон которого идёт в несколько раз круче, чем с южных. 1

Также современный рельеф дна начал формироваться около 14 тысяч лет назад в результате медленного движения ледника. 3 Ледниковый покров постепенно спускался, менял давление на грунтовые породы, таял и в итоге привёл к подъёму суши. 3