Дарвинский заповедник считается важным биосферным резерватом по нескольким причинам:

• Сохранение типичных и уникальных ландшафтов и экосистем. 4 На территории заповедника сохраняются растительный и животный мир Молого-Шекснинского междуречья как часть живого покрова Земли, обеспечивающего долговременное существование жизни на планете и устойчивое развитие человеческой цивилизации. 4
• Препятствие деградации природы региона. 4 Заповедник способствует поддержанию стабильности природной среды, восстановлению природных условий и необходимых для жизни компонентов (природная очистка воды, воздуха, нейтрализация токсичных веществ). 4
• Сохранение генофонда редких растений и животных. 4 Заповедник является ключевой территорией в федеральной и региональной экологической сети, способствует сохранению генофонда ряда видов редких растений и животных, обеспечивает их расселение на всём северо-западе европейской части России. 4
• Проведение научных исследований. 4 Заповедник проводит научные исследования, направленные на получение информации о процессах, происходящих под влиянием Рыбинского водохранилища, о ходе природных процессов на охраняемой территории, а также о состоянии охраняемых объектов. 4

С 2002 года заповедник включён во Всемирную сеть биосферных резерватов. 1