Дарвинский заповедник имеет важное значение для сохранения биоразнообразия региона по следующим причинам:

• Сохранение типичных и уникальных ландшафтов и экосистем. 1 Заповедник сохраняет растительный и животный мир Молого-Шекснинского междуречья как часть живого покрова Земли. 1
• Препятствие деградации природы региона. 1 Заповедник способствует поддержанию стабильности природной среды, восстановлению природных условий и необходимых для жизни компонентов (природная очистка воды, воздуха, нейтрализация токсичных веществ). 1
• Сохранение генофонда ряда видов редких растений и животных. 1 Заповедник является ключевым местом обитания для многих видов насекомых, рыб, птиц и млекопитающих, в том числе занесённых в Красную книгу РФ. 2
• Обеспечение воспроизводства и расселения видов. 2 Заповедник стал источником расселения как редких, так и обычных видов животных на сопредельные территории, обеспечивая восполнение их популяций за его пределами. 5