Дальневосточный морской заповедник считается важным центром сохранения морских экосистем по нескольким причинам:

• Многообразие видового состава. 1 В заповеднике обитает более 5000 видов растений и животных, что связано с разнообразием условий существования. 1 Здесь есть как тепловодные (субтропические и даже тропические) виды, так и холодноводные (бореальные и бореально-арктические). 1
• Сохранение генофонда. 1 Особое внимание уделяется сбережению генофонда морских организмов. 2
• Охрана акватории и территории. 1 В заповеднике запрещено изъятие любых животных и растений, загрязнение природной среды, движение судов и автотранспорта, въезд и пребывание без специального разрешения. 1
• Научные исследования и мониторинг. 14 Проводятся научные основы сохранения и восстановления морских и островных биогеоценозов, а также мониторинг состояния морской среды. 14
• Эколого-просветительская деятельность и познавательный туризм. 1 Проводятся образовательные мероприятия для широкой общественности и меры по охране и восстановлению уникальных морских экосистем. 4

В 2003 году заповеднику был присвоен статус биосферного резервата ЮНЕСКО, что официально признало международное значение учреждения. 2