Дагестанский заповедник считается важным местом для охраны птиц по нескольким причинам:

• Разнообразие видов. 12 На территории заповедника и прилегающих территориях зарегистрировано более 250 видов птиц, из них более 140 гнездящихся. 45 Среди обитающих птиц много видов, занесённых в Красные книги России и Дагестана. 1
• Место остановок на миграциях. 12 Через территорию заповедника, вдоль западного побережья Каспия, проходит один из главных пролётных путей водоплавающих птиц. 2 Для них здесь есть хорошие условия для отдыха, жировки и пережидания плохих погодных условий. 1
• Место гнездования и миграций редких и исчезающих птиц. 14 Например, Кизлярский залив объявлен ключевой орнитологической территорией международного значения как место гнездования, пролёта и зимовки таких видов. 1
• Место обитания птиц, характерных для высокогорного биома. 45 Например, в Тляратинском заказнике гнездятся эндемичные кавказские и стенотопные виды птиц, характерные для высокогорного биома. 45