Цветение воды является серьёзной экологической проблемой, потому что приводит к негативным последствиям для обитателей водоёмов и окружающей среды: 14

• Резкое снижение содержания кислорода в воде. 1 Это создаёт предпосылки для гибели животных от гипоксии. 1 Кроме того, снижение прозрачности воды сказывается на количестве света для высших многоклеточных водорослей и других водных растений, что приводит к их дистрофии и дополнительному уменьшению продукции кислорода в водоёме. 1
• Выделение токсинов. 15 Одноклеточные водоросли усваивают и метаболизируют токсины из внешней среды или вырабатывают их непосредственно в своих организмах. 1 От токсинов погибают различные гидробионты, наземные животные, пьющие воду, и, иногда, человек — при употреблении в пищу некоторых моллюсков (мидии, устрицы), накапливающих токсины в собственном организме на пике цветения воды. 1
• Массовая гибель водорослей. 1 В этот период на поверхности воды образуется комковатая плёнка отмирающих организмов, которая оседает на дно и выбрасывается волнами на берег, распространяя гнилостный запах. 1

Также цветение воды делает водоём непригодным для питья и купания, а также снижает возможности его хозяйственного использования. 12