Численность нельмы в сибирских реках снижается по нескольким причинам:

• Интенсивный неконтролируемый вылов. 1 В последнее время нельму активно вылавливают рыбаки-любители на различные блесны в летне-осенний период. 1
• Ухудшение условий воспроизводства. 1 В частности, из-за сооружения ГЭС, создания водохранилищ и зарегулирования стоков рек сократился естественный ареал популяций нельмы и нарушился природный процесс её воспроизводства. 2
• Загрязнение рек нефтепродуктами. 1
• Заморные явления. 2 Они вносят коррективы в миграции и сезонное распределение нельмы, а также увеличивают смертность рыб. 2

В настоящее время численность нельмы в сибирских реках находится на критически низком уровне и продолжает сокращаться. 1